園區屬保稅區，園區事業自國外輸入自用之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及供貿易用之成品，免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅，僅須依關稅法相關規定辦理通關手續，無須另行申辦免稅核准、擔保、記帳或繳納保證金。另園區事業從事產品或勞務外銷者，其營業稅適用零稅率，並免徵貨物稅，有效降低企業進出口與營運成本，提升整體投資效益與國際競爭力。

科學園區的核心競爭力，源自於創新技術研發能量與高階產業人才的持續匯聚。南部科學園區透過推動「南部科學園區新興科技應用計畫」，有效整合產學研資源，加速關鍵技術落地與創新產品開發，協助園區廠商提升技術門檻與市場競爭優勢；同時藉由「科學園區人才培育補助計畫」及「園區人才培訓暨產學合作計畫」，建立學生實習、企業用才與在職進階培訓之完整銜接機制，並建置完善的人才媒合平臺，穩定供應園區所需專業人力，降低企業招募與培訓成本，強化企業快速擴產與營運成長所需之人力支撐，整體形塑具高度投資吸引力與長期發展潛力的產業聚落。

南科臺南園區之積體電路產業聚落已具相當規模，在台積電、聯電等晶圓代工龍頭帶動下，成功吸引上游關鍵材料與零組件供應商（如 CMP 研磨液、石英爐管、半導體材料及研磨墊等），以及下游封裝測試與設備供應體系進駐，形塑上下游高度整合的產業鏈。隨著台積電持續加碼投資臺南園區，3奈米及5奈米先進製程之12吋晶圓廠及先進封裝廠皆已進入量產階段，加上高雄園區華邦電公司，南科已成為積體電路產業關鍵廠商與高階人才高度匯聚的核心基地，躍升為全球最先進製程重鎮。同時，園區持續導入先進封裝技術、3D IC、晶片系統整合、AI加速器與高速互連技術 等積體電路新技術，推動上下游產業創新與應用發展，提升臺南園區在全球半導體產業鏈中的競爭力。

臺南園區已發展為國內TFT-LCD產業垂直整合最為完整之產業聚落。在垂直整合體系方面，自上游關鍵材料與核心元件，包括量子點（台灣奈晶）、玻璃基板（美商台灣康寧）、液晶材料（日商捷恩智、大立晶材）、觸控式液晶顯示器（精金）、增亮膜與稜鏡片（美商 3M）、偏光板（日商住華）、光罩（日商頂正）及背光模組（中強），延伸至中游面板製造（群創光電、瀚宇彩晶），並涵蓋下游液晶電視製造（群創光電），已完整建構上下游一貫之產業鏈。於橫向支援層面，園區亦匯聚東捷、帆宣、美商台灣應材、日商優貝克、大福、由田新技、友上及盟立等關鍵設備製造與系統整合廠商，形成高度集中的技術與服務支援網絡。同時，光電技術跨域應用於半導體封裝、晶片互連、感測器、檢測設備，以及矽光子技術，推動半導體產業向高速資料傳輸、智慧感測及光電封裝等高附加價值應用方向持續發展。

臺南園區精密機械產業隨著半導體及光電大廠持續投資而逐步形成完整產業鏈聚落，目前已有多家國內外知名設備廠商進駐，包括台灣艾司摩爾、台灣應材、帆宣、佳能、優貝克、台灣荏原、東捷、盟立、超淨、家碩及崇越等企業，提供高精度自動化及智慧檢測設備，以滿足園區半導體與光電製程日益嚴苛的精度與自動化需求。園區持續導入 智慧製造、機器人整合、AI驅動檢測及微奈米加工技術等精密機械新技術，不僅提升產業整體技術水準與國際競爭力，也鞏固南科作為高科技製程與自動化設備核心供應基地的地位。